Код:

@Echo Off
Set ServiceName=JavaQuickStarterService
:: Получаем состояние службы, проверяем запущена ли она
SC queryex %ServiceName%|Find "STATE"|Find "RUNNING">Nul&&(
rem Пробуем остановить
Net stop %ServiceName%||(
rem Если остановить через net stop не вышло, запрашиваем PID
For /F "tokens=3" %%A In ('SC queryex %ServiceName%^|Find "PID"') Do (
rem Убиваем процесс вместе с дочерними, используя полученный PID
TaskKill /F /T /PID %%A
)
)
)
rem Если служба не была запущена, или уже убита к тому времени - запускаем её
Net start %ServiceName%
Pause