Ну все, я решился и сделал ход конем.

Удалил Adobe Flash последней версии полностью, скачал архив с 11.1.102.55, установил, проверил - никаких папок не создается! Ни IME, ни acro_rd_dir, в общем, на что думал, то и оказалось. Значит в Adobe перемудрили и похоже, что с какой-то из самых последних версий, потому что еще месяц назад никаких папок не было.

Ну или в Microsoft чего-то не так обновили за последнее время...
Process Monitor, к сожалению ничего не показывает, кроме Adobe Flash Player Plugin, или нужно в нем очень хорошо разбираться, чтобы установить правильные фильтры, а у меня навыков маловато, я посидел часок - толку нету, прет один
Adobe Flash вид
слева и вид
справа, фильтр по IME12 ... Что интересно, Flash старой версии гораздо лучше работает! И окно просмотра видео в Лисе правильной формы, все кнопки на месте, а в последней бывало, что окно видео наполовину срезано на некоторых сайтах... Вот морока! Знал бы с самого начала - плюнул бы и отключил автоматическое обновление. А разбираться - почему епонские папки, да почему в плагине для Лисы, а не в ActiveX для IE, может последнюю Лису японцы писали, да забыли коды подправить... Не знаю, что и делать.
Удалил 11.1.102.55, поставил 11.2.202.228 - папки не появляются.
Проверил в 11.2.202.235 - папки не появляются...
19.07.2012 г. - установил 11.3.300.265 - папки НЕ появляются. Очень интересно, что же это было. Причем, не только у меня одного.