[batyaPS]

можно добавить добавление\изменения строки:
user_pref("mail.server.server2.check_time", 5);

и удаление (возможно прокатит изменение значения на false) строки
user_pref("mail.server.server2.login_at_startup", true);

?

что то с кавычками не так
пробовал так

If WScript.Arguments.Count <> 1 Then
WScript.Echo Usage: cscript.exe //nologo F:\BACKUP\prefs_js.vbs F:\BACKUP\MAIL
WScript.Quit 1
End If

или так

If WScript.Arguments.Count <> 1 Then
WScript.Echo "Usage: cscript.exe //nologo F:\BACKUP\prefs_js.vbs F:\BACKUP\MAIL
WScript.Quit 1
End If


и так

If WScript.Arguments.Count <> 1 Then
WScript.Echo Usage: cscript.exe //nologo "F:\BACKUP\prefs_js.vbs" "F:\BACKUP\MAIL"
WScript.Quit 1
End If

синтаксическая ошибка в строке 10