Ошибки синхронизации чаще всего возникают при проблемах в сети. Т.е. клиенты теряют подключение. Можно отключить ведение этого журнала путем установки ключа реестра на клиентах HKCU\Software\Microsoft\Office\14.0\Outlook\Options\EnableConflictLogging 0. Если этого ключа нет, его можно создать (тип DWORD), т.к. его отсутствие аналогично значению 2 (сохранять критические ошибки). Реестр можно модифицировать с помощью GPO на всех машинах сети.
Теперь о чистке. В Exchange 2010 вы могли бы задать специальный RetentionTag, и на его основании прописать срок хранения. Но у вас Exchange 2007. Поэтому предлагаю пойти другим путем. В консоли, в Organization Config - Mailbox есть вкладка Managed Default Folders. Там есть папка Sync Issues. Щелкаете на нее правой кнопкой и выбираете New Managed Content Settings и задаете Retention Period. В действиях выберите Permanently Delete. Не забудьте добавить папку Sync Issue в Default Mailbox Management Policy или создайте отдельную политику, применив ее к нужным ящикам.
И еще ответ: ESE такая штука, что отрезанное под свои нужды место отдает неохотно. Даже если вы удаляете содержимое, остаются пустые таблицы в базе, куда будет писаться новый контент. Лечится оффлайн дефрагментацией с помощью утилиты eseutil.exe.
http://technet.microsoft.com/en-us/l...EXCHG.80).aspx