ps.isp, у системных администраторов есть свои средства для того, чтобы сделать всё это легко и непринуждённо. Не совсем понятна цель ваших изысканий и есть ли она вообще. Если вы хотите стать профессионалом в сфере информационной безопасности и уверенно разбираться во всех тонкостях Windows, то стоит начать с изучения тематической литературы, обучения на каких-то курсах и постоянных экспериментов. Однако этот путь долог и непрост (один из корифеев безопасности по версии Microsoft, встреченный мной на конференции в Москве на вопрос "сколько времени уходит на постоянное изучение нюансов и новинок сферы информационной безопасности" ответил коротко и просто "уже 20 лет"

), поэтому я предложил бы вам сначала определиться - насколько вы действительно заинтересованы в этом и как далеко готовы зайти, тратя время, деньги и нервы.
SYSTEM - это ключевая системная запись, удаление её из вкладки безопасность какой-либо не системной папки не повлечёт за собой особых проблем, однако стоит только начать трогать системные каталоги и удалять из них её права доступа - ждите беды.