Leem111, используйте функцию, вызываемую рекурсивно. Пример:
Код:

Public objFSO
Folder = "c:\1\"
Set objFSO = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
If objFSO.FolderExists(Folder) Then
Call ClrFolder(Folder)
WScript.Echo "Готово."
Else
WScript.Echo "Не найден путь " & Folder
End If
WScript.Quit 0
Function ClrFolder(strFolder)
Dim objFolder, objFile, objSubFolder
Set objFolder = objFSO.GetFolder(strFolder)
For Each objFile In objFolder.Files
If objFile.Size > 512000 Then objFile.Delete TRUE
Next
For Each objSubFolder In objFolder.SubFolders
Call ClrFolder(objSubFolder.Path)
Next
End Function