Они увеличивают время входа в систему, а в случае проблем с WMI можно нарваться на 10-ми минутный таймаут применения политики.
Так что арифметика примерно такова 1 фильтр - 10 минут входа, 2 - 20 и т.д.
Видел я компы которые давились тремя фильтрами и висели пол часа.
Фильтрацию нужно использовать только в случае если недоступны другие методики.
Кстати вот
тут есть замечательный абзац
It is recommended that you use WMI filters primarily for exception management. They can be powerful solutions for targeting GPOs to specific users and computers, but because WMI filters are evaluated every time Group Policy is processed, they increase startup and logon time. Also, there is no time-out for WMI filters.
Use them only when necessary.
Последнюю фразу я поддерживаю целиком и полностью.
