Специмволы вообще экранируются через ^, но если неизвестно заранее, сколько их будет в строке - это не выход. Но если использовать вывод внутри цикла, то его особенностью будет то, что нахождение в считанной строке специмволов не повлияет на вывод. Пример:
Код:

@Echo Off
Set InFile=test.txt
Set OutFile=out.txt
For /F "usebackq delims=" %%A In ("%InFile%") Do (
Echo %%A|Find "43">nul&&(
Echo VarC=200>>"%OutFile%"
)||(
Echo.%%A>>"%OutFile%"
)
)2>nul
Недостаток - если искомый паттерн ("43") будет в одной строке со спецсимволами, его Find не найдет.