Простите за мысли вслух, ну что вам, своего дефрагментатора не хватало? Почитайте:
Итоги эксперимента по оптимизации загрузки Windows разными дефрагментаторами,
Как выполнить дефрагментацию дисков в Windows 7
Вот вы мне скажите, выравнивание в этой процедуре применялось или нет? Если да - "поздравляю", можете готовиться к полной переустановке системы. Если через Windows RE сможете вытащить важные данные, хранившиеся в профиле - хорошо. Если дойдет до преустановки, раздел под систему и
SystemReserved создайте из установщика Windows.
До переустановки у меня в арсенале всего 3 совета по реанимации:
- выполнить восстановление запуска
- выполнить проверку системных файлов (SFC.exe) в среде Windows RE
- при загрузке нажимать F8, отключить перезагрузку при сбоях и пройти по пунктам
- безопасный режим
- последняя удачная конфигурация
- режим отладки
- режим восстановления служб каталогов
Сделайте фото результатов команды в командной строке среды восстановления
Код:

bcdedit