[JohnnyD]

Разобрался. Виноватой оказалась галка "Создать ярлык в главном меню (под кнопкой Пуск)" при первом запуске программы, когда настроек еще нет и ящики не созданы. Видимо к деинсталлятору нужно прикрутить еще и удаление ярлыка из %UserProfile%\Главное меню\Программы\

И может удаление настроек из реестра (ветка HKEY_CURRENT_USER\Software\RIT ) тоже сделать интерактивным, как и ящиков? Оставляешь ящики - остаются и настройки. И наоборот...