Когда устанавливается Windows с установочного диска на неразмеченный раздел, установщик сначала резервирут область на диске (у меня 100МБ), а затем создаёт системный раздел "С", на который уже и ставится собственно система.
Когда вы работаете Acronis вы форматируете оба раздела, а затем установщик ничего не зная, ставит систему на второй раздел не создавая загрузочный или резервный раздел (
х.з. как он правильно называется ) и система ставится, не выдавая никаких предупреждений, но зато потом не грузится.
Теперь я делаю так, если требуется чистая установка, то на диске средствами Acronis сначала объединяю два раздела (зарезервированный и системный) в один, потом форматирую и в заключении окончательно удаляю том.
После таких действий чистая установка Windows с установочного диска идёт, как по учебнику.
Конечно при этом надо указать на какой диск вы ставите систему создать его и т.д средствами установщика.
Дело не в Acronis Disk Director, а в Windows 7, которой теперь требуется дополнительный раздел, в ХР с тем же Acronis проблем не было только потому, что там был только один единственный системный раздел.
http://s019.radikal.ru/i607/1204/e5/083374eef492.jpg