На текущем пользователе:
Код:

taskkill.exe /fi "UserName eq %UserDomain%\%UserName%" /fi "ImageName eq explorer.exe" && start "" Taskmgr.exe
На заданном пользователе «MyDomain\UserName»:
Код:

taskkill.exe /fi "UserName eq MyDomain\UserName" /fi "ImageName eq notepad.exe" && start "" Taskmgr.exe