Хе, у меня тож "никто" не ругался, считай, почти "случайно" запустил chkdsk (вернее, ее я последней запустил), а там нарушена структура...тож реестр колупал, думал вирусы, никаких ошибок в логах не было и т.д. и т.п. а оно во-но как...
если у тя raid поддерживает rebuild то можно и по отдельности; бывает, что raid уходит в асинхрон, и при этом говорит что все пучком, а у самого ошибки в ФС...