Уже не стал применять ResetPermissions, так как до этого поставил уже систему
начисто.
Так что спасибо всем за помощь. 
Отличие чистой установки: разрешение всегда маленькое - мышка большая не
голубоватом фоне а при проблемной установке - разрешение большое - мышка маленькая на черном фоне, в безопасном режиме видно сообщения с номерами версии. (только вначале несколько секунд голубого reinstall)
Имхо, есть какие-то признаки (в файлах), которые говорят что установка почти завершилась и самое главное эти признаки не очищаются при новой преустановке.
Происходит "прыжок" в процессе установки, а SAM - это уже дальнее следствие пропуска каких-то действий. Так что может и безопасность и не надо было править.
Можно было бы, конечно установить на соседний диск новую ос, потом посравнивать - но облом уже.
Правда чистая и повторная после чистой+(IE8+DrWeb+Alcohol) установка тоже была с неприятностями, я думаю из-за контроллера:
1. Логические patition стали на D & E, опередив основные, которые физически перед ними - пришлось временно отключать.
2. В самом конце, после автоустановки режима экрана (после последней перезагрузки уже без минут) - зависание (20 мин ждал). Перегрузка - все нормально, слетел цвет DeskTop.
почитал, что уже есть каие-то новые типы форматирования дисков - GPT, а не MBR. Может более новые драйвера контроллера именно для них, и ошибок там меньше.
Просто на контроллере НДД быстрее и больше - но уже вижу неустойчивее.
Как-то поставил, уже разбираться в этом будем дай бог попозже.
