Задача решена, всем спасибо за внимание. Вот правильный вариант, который мне нужен был, вдруг кому пригодится:
Код:
setlocal enableextension
set "srcdir=\\server\source\"
set "destdir=\\server\destination\"
pushd %srcdir%
for /d %%i in (*) do (rd /s /q "%destdir%%%i" & xcopy /i /z "%%i" "%destdir%%%i")
