Hollou, добрался, проверил.
При исполнении «mklink.exe» на Windows Server 2008 R2 вижу сообщение об ошибке:
Код:

Ошибка в синтаксисе команды.
Hollou, уберите в пакетном файле из
#10 точку и расширение у mklink:
Код:

mklink.exe /d "%sDestFolder%\%LastPartName:~0,-1%%%i\%sExcludeFolder%" "%sSourceFolder%\%sExcludeFolder%"
И всё заработает.