[Denis Dyagilev]

Непонятно, как коррелируется вопрос о FTP на Windows Server с Ubuntu Server и, тем более, с VPN. Про "безопасность намного выше" и тем более лишнее, и, не побоюсь этого слова - вредное -)

stamp-online,
Посредством RD Web Access у Вас вряд ли получится осуществить задуманное - в доступом к FTP.

По поводу почту - для каждого сотрудника, полагаю, Вам нужно будет конфигурировать почтовый аккаунт в его сессии. Если используется Exchange - это будет на порядки проще.