[DZITs]

allaq, часто одной проверки системного тома после перезагрузки не хватает - знаю из опыта.
Проще будет загрузиться с LiveCD и проверить этот том оттуда с исправление ошибок (или, как вариант, снять жесткий диск и подключить к другому ПК и проверить там) - том не будет использоваться системой и chkdsk сможет исправить ошибки. Обычно в таком случае двух запусков подряд с параметром /f достаточно.