[slfly]

Вообщем-то сам проблему и решил

Код:

for /f %%a in (numbers.txt) do call :log %%a

:log
set line=%1
find /I "%line%" pasports.txt
if errorlevel 1 goto :EOF 
if errorlevel 0 echo %line% >> results.txt

Судя по всему в do дополнительное условие ставить не стоило.