Изначально главный вопрос был все-таки о том, как организовать хранение данных, чтобы можно было делать резервную копию с сохранением настроек всех пользователей. Я учел, что автор хранит данные отдельно от системы, и предложил выше вариант.
Я думаю, что вопрос об инструменте резервного копирования и способе восстановления в данном случае глубоко вторичен. Если очень хочется обсуждать именно его, давайте создадим холивар на тему "Архивация Windows" vs. Acronis и будем там это обсуждать (я - не буду

).