[Denis Dyagilev]

Вам нужна технология App-V, а не MED-V.

Секвенсируете приложение, разворачиваете секвенсированный пакет на сервере терминалов с созданием соответствующих ярлыков. Отмечу, что далеко не все приложения могут быть виртуализованы. Существует ряд ограничений - например на использованием приложением драйверов, загрузочных библиотек и т.п.

Вы не пробовали запустить приложение в режиме совместимости?