[vlad_user]

Мастер или слейв? - загрузка зависит, т.к. фактически определяет откуда будет грузиться DOS: с встроенной флеш или с установленной compact flash.
А значение "Primary IDE Master" в биосе автоматически меняется после установки джампера (в самом ПК) в соответствующее положение. Кстати, эта compact flash определяется в пункте "Primary IDE Master" как HARD DISK.
А в пункте "Primary IDE Slave" оказывается встроенная флеш.
Т.е. определение идет не в БИОСе, а установкой джампера... а в меню БИОСа только подтверждается откуда будет грузиться ОСь.
Конечно после форматирования на compact flash осталось много свободного места, а диск стал только 2Гб, но под эту ось, насколько я знаю лучше FAT16 - не будет глючить. А то что флешка больше... ну какие купили)

Просто получается что:
1) команда sys выполнена... файлы перенесены....
2) недостающие файлы перенесены отдельно
3) фактическое содержание обоих дисков одинаковое....
4) а грузиться от туда не хочет.....