У меня была такая проблема. не решил. проверка диска показывала что все ок, но дефрагментатор даже не шуршал диском (не обращал на это внимание?). Поставил o&o defrag - он все сделал, но что с "родным" дефрагметатором так и не разобрался. o&o defrag можно взять
здесь