Все, вопрос решил - модифицировал скрипт отсюда
http://forum.oszone.net/thread-220197.html
@Echo Off
SetLocal EnableDelayedExpansion
:: Обрабатываемая папка
Set Folder=G:\divx1\test
:: папка назначения
Set Out=g:\divx1\test\result
For /R "%Folder%" %%i In (*.*) Do (
Set ti=%%~ni
MD "%Out%\!ti:~0,100!"
Move "%%i" "%Out%\!ti:~0,100!">Nul
)
Pause>Nul
Можно сносить темку...