[skeletor]

Вообщем дело оказалось именно в этих опциях. Увеличил ещё больше и отставание начало быстрее сокращаться. Всем спасибо: увеличил на slave

Код:

innodb_buffer_pool_size = 512M -> 1G
innodb_log_file_size = 256M -> 1G