[Morpheus]

1. Да, на отдельном, только это должен быть не "жосткий диск", а дорогой SSD. Ещё лучше, если их будет несколько и они будут объединены в RAID-массив. Ну это если вы действительно хотите максимального быстродействия.
2. Когда вы нажмёте "Форматировать" в установщике Windows, никто вам никакие размеры кластеров выбирать не позволит. Раздел будет отформатирован в стандартные 4KB, это и есть оптимальный размер.