Сори, не сразу понял. Вообще правильнее и проще так:
Код:

taskkill /t /f /im:program.exe
start "" /wait "C:\CF1\Uninstall.exe" /s
rd /s /q "C:\CF1"
Все можно посмотреть через "rd /?"
А "Del" по "канонам" ключ /q ставится перед именем файла, хотя так как у Вас тоже работает.
Но, если start.exe это какая-то программа, завершающаяся самостоятельно с ключем /stop
то убийство процесса, как у меня, это лишнее. Тогда ---> start "" /wait "C:\CF1\start.exe" /stop