Не так. Не будет работать по таким причинам:
1) "set Files=D:\HomeDirs" заменяет значение предыдущей команды.
2) "~z" работает только с файлами. Размер папок можно посмотреть в теме:
http://forum.oszone.net/post-1603549.html
Мне понравился вариант от
gora (пост № 3).
3) Конструкция "for %%F in (%Files%)" будет перечислять разделенные пробелом или табуляцией данные из файла %Files% (т.е. фактически ничего не выдаст (файла с именем "D:\HomeDirs" нет). Для получения данных из переменной используется ("%Files%") - скобки и кавычки.
4) Размер лучше указать в байтах: "set /a Size = 20*1024*1024".
5) EQU - это равно, в Вашем случае GTR.