[DVDshnik]

Хм, во всех упомянутых ОС имеется встроенный дефрагментатор. Сторонние утилиты, возможно, и чем-то лучше, но и встроенного дефрагментатора достаточно для наведения порядка в файловой системе.
Так что сдаётся мне, что озвученные в теме проблемы в значительной степени обусловлены сильной фрагментацией файлов.
А с MHDD как, повторюсь?