Я точно не понимаю в чем причина Ваших проблем. Могу лишь попробовать подсказать.
Мне кажется у Вас проблемы с настройкой или самого FTP сервера или Cobian на работу с ним. У Вас скорее всего, что-то с правами доступа.
Вот, что такое TLS
http://ru.wikipedia.org/wiki/TLS
Упростите настройку, уберите все tls и ssl опции. Заходите на FTP без "наворотов"
Настройте задание Cobian соответственно настройкам FTP, используйте ручные настройки, все что автоматически определяется переведите в ручной режим.
