[Delirium]

Какой массив лучше сделать тогда? »

5. Или 10. И логи (ldf-файлы) должны быть на других жестких дисках. Не разделах, а именно дисках. Это заметно снизит дисковую нагрузку, особенно если у баз данных модель восстановления выставлена в Full, а не Simple.

Всего 11 баз. Из них только одна 1С? И именно на 1С, я так понимаю, делается космическая переиндексация какая то?
Что меня всегда убивало в 1С, так это то, как они умудряются своим софтом вешать такие вещи как SQL Server. Но это так, в качестве оффтопа.

Пойдем другим путем. Как часто выполняется переиндексация? Одновременно с основным JOB-ом ежедневно в 00-20? Или чаще?

Создание бекапов мы в расчет не берем, эта технология отлажена и из-за нее настолько тормозить не будет.

Я бы сделал следующее:
1. Через Profiler с утра пораньше, когда нет пользователей в базе, помониторил бы, какие обращения идут к SQL серверу и какие задачи выполняются.
2. Через Management Studio помониторил бы активные соединения, есть ли незакрытые транзакции и что они выполняют.
3. В момент жалоб еще внимательней повторил бы пункт.2

Согласно этому анализу будет примерно видно, в чем проблема.
Ну и собственно, Performance Monitor от OS Windows еще никто не отменял. И на OsZone, если я не ошибаюсь, есть отличные статьи по оптимизации SQL Server. Настоятельно рекомендую к прочтению .(http://www.oszone.net/4482/Microsoft_SQL_Server)

ПО поводу вытаскивания задания из плана. Под руками дома sql нет, попробую в понедельник посмотреть на работе, ну или может, пораньше кто нибудь подскажет здесь