Arian, что-то мешает...
Как определить, является проблема системной или вызвана сторонней службой или приложением
А вообще за столь продолжительное время существования утилиты подобные случаи - редкость. Ищите причину в системе.
Может сможем обойтись без Multiboot? Опишите проблему.