saneck,
Если флешка имеет два раздела, то загрузчик должен быть на первом и к тому же активном разделе. Информацию можно посмотреть в том же BootICE 0.9
Можно посмотреть какие загрузчики прописаны в MBR и PBR
Под какими буквами разделы и какой активный и многое другое. но основное это.
P.S. Посмотри здесь -
http://greenflash.su/publ/razbienie_...ela/13-1-0-159 и в комментариях может оказаться полезная для тебя информация.