В пути присутствует имя учётной записи скайпа, у всех оно индивидуальное, а речь идёт не про индивидуальный инсталлятор, а про универсальный. Для имени пользователя Windows в ситеме есть переменные, а для папки профиля скайпа, что существуют переменные?
Думаю что нет.
Ну и непонятно что именно писать в том заранее создаваемом config.xml И какая гарантия что скайп при создании профиля пользователя не перезапишет файл с нуля? Хотя это конечно можно проверить экспериментально, а вот как обойти имя профиля я не представляю. Тут только как-то дать скайпу заранее команду на отключение функции автообновления. В реестре смотрел кажется там вообще настроек почти нет, он всё хранит в этом config.xml