Особой такой разницы нету, HKCR или HKLM - все равно записи продублируются.
Ну коль зачесалось, то меняй HKCR или HKLM
расставь для отладки в макросе сообщения для наглядного просмотра и правки макроса, если нужно:
Код:
MessageBox MB_OK "$$R0 = $R0$\n$$R1 = $R1"
$R0 или $R1 могут(не проверял) -
SOFTWARE\Classes или какой ты там ключ укажешь в аргументах макроса,
нетрудно сопоставить с нужными тебе ветками реестра. Еще имеет смысл $R0 - в кавычки одеть.
Код:
WriteRegStr HKCR "$R1" "" "$R0"
и так далее.