Если при перемещении надо сохранить структуру подпапок, то
Код:

@Echo Off
FOR /F "usebackq delims=" %%f IN (`xcopy /s /y "D:\Temp\*.xml" "D:\Temp1\"`) DO Del "%%f" >nul 1>nul 2>nul
или
Код:

@Echo off
cls
SetLocal EnableExtensions
SetLocal EnableDelayedExpansion
Cd /d D:\Temp
Move /y *.xml D:\Temp1\
FOR /F "usebackq delims=" %%D IN (`Dir /S /B /A:D`) DO (
Set NDir=%%D
If Exist "!NDir!\*.xml" md !NDir:D:\Temp=D:\Temp1! & Move "!NDir!\*.xml" "!NDir:D:\Temp=D:\Temp1!\
)
Если из всех подпапок надо слить файлы в одну папку, при этом не думая о возможном совпадении имён файлов в разных исходных подпапках
Код:

@Echo Off
cls
Set From=D:\Temp
Set To=D:\Temp1
FOR /R %From% %%f IN (*.xml) DO Move /Y "%%f" "%To%\"