[ganselo]

Прокси сервер знаете как работает? по аналогии и тут.
1. Из приложения делаете запрос к php скрипту (GET, POST). отправляете к нему SQL запрос. php скрипт берёт этот запрос и делает запрос к базе и возвращает результат к приложению.
2. php скрипт имеет ограниченное время жизни. Поэтому если сервер позволяет сделать set_time_limit(0) (скрипт будет жить бесконечно), то можно сделать тунель. В пхп делаете прослушку порта, например 1000-ый порт. Из приложения соединяетесь на этот порт и работаете как с обычной базой. В пхп нужно будет сделать тунель из 1000го порта на порт mysql.

т.е. в php :
слушаем 1000 порт
если пришли данные на этот порт, начинаем соединятся к mysql и перенаправлять данные из 1000-го на порт mysql.

Ну 2-ой вариант маловероятно будет работать, т.к. фаервол не даст соединятся из внешки на запрещённый порты (зависит от сервера кароче...).