[AkP]

На ветку HCU у пользователей нет права записи, так же как и у компьютера, отсюда и не возможность изменения при стартапе.
А каким образом вы назначали права на запись? Domain Users добавлять нет необходимости, в момент машин рана, пользователя еще нет, изменяйте права в ГП, ветка - Конфигурация компьютера \ Конфигурация Windows \ Параметры безопасности \ Реестр.
Проверьте фильтр безопасности для политики, там должно быть либо прошедшие проверку, либо компьютеры домена. Скрипт использует cmd? и использует regedit? доступ по сети к их местоположению для прошедших проверку или компьютеров домена имеется? Попробуйте использовать в командном сценарии не regedit, а reg add:
reg add "HKU\.DEFAULT\Keyboard Layout\Preload" /v 1 /d "00000409" /f
reg add "HKU\.DEFAULT\Keyboard Layout\Preload" /v 2 /d "00000419" /f
Только что проверил работоспособность на тестовом сервере, при правильном выставлении прав, все отрабатывает.
Но есть еще момент, десктопная ОС не ждет полного завершения инициализации сети во время загрузки компьютера и входа пользователя в систему. Групповая политика применяется в фоновом режиме, после того, как сеть становится доступной Не уверен насчет стартап скриптов, но возможны "помехи" еще и из за этого. Укажите ОС всегда ожидать полной инициализации сети.
Конфигурация компьютера \ Административные шаблоны \ Вход в систему /всегда ожидать..... - включена