[SandroK]

pbormotov
Смотря как устанавливали Windows на диск D:, как на диск D: или как диск C:. Скорее всего System Commander свое дело делает, те он грузит систему оттуда, откуда надо. Но на диске D: в файле msdos.sys (ну и скажем в config.sys и тд) прописанны пути к Windows который стоит на диске C:.
Ответ Seed2a-а скорее всего решит ваши проблемы, но сначала надо хорошо разобраться SC, что бы знать кого, как и откуда грузить.