Если в Live CD диски проверку проходят нормально, значит с ними все в порядке! Проблема может быть в том что Win 7 не корректно работает с некоторыми винтами. Вот ссылка от макрософаки
http://answers.microsoft.com/en-us/w...e-2764dc20596d
вот ее вольный перевод от гугла
http://translate.google.ru/translate...6prmd%3Divnsfd
кстати гугл по запросу "Win 7 chkdsk (696e647863686b2e dee)" выдает очень много похожих обсуждений (на английском)
Кроме того производителей железа также признают что у них имеются проблемы совместимости с некоторыми винтами. Вот например по моей материнке ASUS на оф сайте сказано что она может не дружить с некоторыми SATA винтами и с винчестерами Segate
Получается примерно такая картина - пока винду не трогают, чекдиск не теребомкают- все работает нормально. Если вдруг аварийное завершение питания или еще какой сбой винда ставит пометку "грязного" диска и при перезагрузке начинает скандиск (как вам удобней

вот тут проблемы и всплывают.
В таком случае думаю лучше забить, а чтобы еще и винда забила - поправьте ключ в реестре
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager]
ключ "BootExecute"
есть даже для этого команда dos CHKNTFS
http://support.microsoft.com/kb/160963/ru