Правильнее всего будет переставить контроллер домена и потом подчистить данные.
http://support.microsoft.com/kb/332199/ru
http://support.microsoft.com/kb/216498
Копание в реестре и удаление lingering объектов.
Не поймите меня неправильно... В вашем случае может привести к непредсказуемым последствиям.
Не понятно почему у вас не проходила репликация более чет tombstone time и для полного понимания сначала надо поставить новый контроллер а потом разбираться что именно привело к подобной хм... неприятности.
PS надеюсь бэкапы у вас настроены?
