[Foreigner]

но надо чтобы в корнях тоже оставались только исключения. »

Код:

@echo off
setlocal

set "exclude=.txt .jpg .mp3"

for /d %%i in ("generalfolder\*") do (

    pushd "%%i"
    for /f "tokens=*" %%j in ('dir /b /s /a-d') do call:move "%%j"
    popd
    
)
goto:eof

:move
for %%i in (cnt file check) do set "%%i="

for %%i in (%exclude%) do if /i "%%i"=="%~x1" set check=1
if not defined check del /a /q /f %1 && goto:eof

set "file=%~nx1"

:check
set /a cnt+=1
if exist "%file%" set "file=%~n1(%cnt%)%~x1" && goto:check

move %1 "%file%"