HiddeN_Ra, вы файлы редактировали перед упаковкой? У меня сомнения в оригинальности файлов...
Есть одна строчка, которая у вас прописана не так, как прописывает её программа...Почему?
В файле
<SFXCreator>\NSIS\Include\SoftInclude.nsh
Ваша строка выглядит так:
Код:

!include "custom\KillProcess"
а должна иметь вид:
Код:

!include "custom\KillProcess.nsh"
Специально для теста я загрузил чистый архив версии 2.1 и скопировал ваш файл проекта, после чего попытался откомпилировать, почему-то строка приняла правильный вид...
Но я нашел и 1 ошибку в программе (не в ту позицию в коде прописывается тип сжатия), она будет устранена позже, а пока, чтобы её обойти нужно подредактировать файл
<SFXCreator>\NSIS\Source.nsh
Откройте его и переместите нижеуказанные строки в самый верх, сохраните файл
Код:

SetCompressor LZMA
SetCompressorDictSize 3
После чего для компиляции запустите
<SFXCreator>\NSIS\compile.bat