[Raistlin]

Было б можно не использовать - кто бы заморачивался? Но сплошь и рядом это требуется. Например, регистрационный ключ The Bat! пишется в HKCU.
Если смотреть шире, то речь даже не об установке, а о первоначальной настройке приложения. Чтобы пользователь получал настроенное не по дефолту приложение, но при этом имел возможность перенастроить его под себя. Здесь нужен скрипт, который будет проверять, например, наличие определенной ветви в HKCU и при ее отсутствии добавлять в реестр определенные записи. Можно, конечно, заодно проверять, установлено ли приложение в принципе, но - производительность, производительность... Вот если б была возможность не гонять скрипт вообще на машинах, где приложение не установлено, - но, боюсь, средствами групповой политики это не решить.

Про SCCM только слышал мельком (вернее, про предшественника - SMS). Надо бы попробовать, да.