Можете подправить этот батник так,
чтоб он перемещал файлы из под под...директорий в их первую директорию, например: есть такая структура
GENERALFOLDER
|_FOLDER-1
|_FOLDER-11
|_FOLDER-111
|_FOLDER-1111
|_FOLDER-1112
чтоб все файлы из поддиректорий |_FOLDER-1112 |_FOLDER-1111 |_FOLDER-111 |_FOLDER-11 переместились в |_FOLDER-1
при этом если в |_FOLDER-1 нет поддиректорий, то ее не надо трогать т.е. перемещать файлы из нее в GENERALFOLDER.