[AkP]

1. большая фрагментация файловой системы, посмотрите что творится с дисками в этом направлении.
2. слишком большая нагрузка на дисковую подсистему, слабенькие винты просто не вытягивают и пользователям файло отдай и антивирусником проверь итд..
3. каким образом выясняли "тормоза дисковых операций"? кернел при этом как себя ведет? график загрузки цпу не подпирает? к пример зургузка цпу 20%, кернел при этом, ну скажем 16-18%...
4. в журнале нет ругани на какие-нибудь драйвера? например кривой драйвер принтера вполне может "затормозить дисковые операции", по крайней мере выглядеть может именно так, при том что перфмон скажет что диск курит...

вариантов масса, начните с дефрагментации и проверки журнала