IE настраивается при выполнении Active Setup — при первом входе в систему
каждого пользователя. Поэтому внесения твиков в Default-профиль на этапе установки недостаточно. Если позарез нужны твики именно в reg-формате, то придётся копировать reg-файл на жесткий диск, и на этапе установки вносить команду применения твика:
- либо в пользовательский RunOnce,
- либо в раздел Active Setup (реализацию смотреть в MyCustom).
На уже установленной системе нужно подгрузить ветку реестра Default User'а, а дальше то же самое.
Для локальных пользователей всё работало (пока не перешёл на твики в inf-формате). Для доменных — никогда не проверял.