[wolkow70]

Прописал создание переменной в самое начало скрипта

Var RestartExplorerSectionChecked

Section Uninstall Uninstall
SectionIn 1 RO
!insertmacro UninstallLib REGDLL NOTSHARED NOREBOOT_PROTECTED "$INSTDIR\ShellEx\XnViewShellExt.dll"
--бла---
Call un.RefreshShellIcons
;
StrCmp $RestartExplorerSectionChecked "1" 0 reboot
RMDir /r "$INSTDIR"
SetRebootFlag false
goto done
reboot:
RMDir /r /REBOOTOK "$INSTDIR"
SetRebootFlag true
done:
SetAutoClose true
SectionEnd
;
Section /o "Un.Перезагрузка Проводника Windows" RestartExplorer
StrCpy $RestartExplorerSectionChecked 1
SectionIn 1
ExecWait 'taskkill /F /IM explorer.exe' $0
DetailPrint "taskkill exit: [ $0 ]"
Sleep 500
StrCmp $0 0 0 +2
Exec "explorer.exe"
Delete "$INSTDIR\ShellEx\XnViewShellExt.dll"
RMDir /r "$INSTDIR\ShellEx\"
RMDir /r "$INSTDIR\"
SectionEnd

И опять при деинсталляции вылазит окно с чебоксами перезагрузки.