[Iska]

Задача автором поставлена не совсем корректно:

Код:

   -p <string>,  --path <string>
     Path to scan

обрабатывает не только файлы по указанному пути, но и во всех вложенных каталогах. Таким образом, если ориентироваться на озвученное предложение — «VirutKiller.exe» может многократно «молотить» одни и те же файлы.