Для форматирования флешек есть хорошая утилитка. Как раз для вашего запроса.
http://www.flashboot.ru/Files-file-5.html
Если полное форматирование и она не сможет, то проблемы на диске с секторами.
Тогда делайте быстрое форматирование и после этого запустить проверку диска
chkdsk'ом
Проверку поверхности можно прогнать
Victoria 4.46b